シェイドシフト〜滅びかけた世界で暗躍する〜

ある日地球に《神裁の日》が訪れる。

日本の政府が運営する研究所ではとある物質の研究がなされていた。
だがある日その物質はとある理由で暴走し地球を飲み込んでしまう。

何故、暴走したのか？その裏には《究明機関》という物質を悪用しようとする組織の企みがあったからだった。

神裁の日、組織の連中は研究所から研究データを盗もうとするがミスを犯してしまった。

物質に飲み込まれた地球は急な環境変化で滅びの一途を辿ったと思われたが、
人類、そして他の生物たちは適応し逆にその物質を利用して生活をするようになった。

だが、その裏ではまだ《究明機関》は存在し闇で動いている。

そんな中、その研究所で研究者をやっていた主人公は神判の日に死んだと思われたが生と死の狭間で神近しい存在《真理》に引き止められ《究明機関》を壊滅させるため神裁の日から千年経過した地球に転生し闇から《究明機関》を壊滅させるため戦う。