とある天才くノ一は、未来の技術を手に入れてしまったので最強になりたくなった。

時は戦国―。
各地で戦乱が起こる。
たくさんの武士・兵士が倒れる中、大分暇な者たちがいた。それは―。

―"忍"である。

彼ら忍は、戦闘が本職ではない為、田植えだの丸薬作りだのを行って平和に暮らしていた。
だが、中には『戦いたい』という意見の者も現れる。

その中の一人、出浦 牡丹。
彼女は優秀な"くノ一"の一人で、友人の青山 虎蔵の意見も聞かず、京へと向かってしまう。

牡丹が変装し、京に向かって歩いている最中―。

―突然、人間の大きさの光が現れる。

そこから、一人の男が現れた。
その男は『セオ』と名乗り、「西暦3000年からタイムマシンでビューンと来た」と語る。

セオの話を鵜呑みにした牡丹は、彼から未来の技術を教わり、合戦へと向かう。更には他の未来人も現れて…。
牡丹は苦難を乗り越えながら、彼と共にその技術を用いて立ちはだかる悪を成敗していく。