還付金が減ることも…確定申告の盲点、マイナポータル連携・住宅ローン・ふるさと納税

●この記事のポイント
2026年（令和7年分）の確定申告は、マイナポータル連携の普及でスマホ完結が進む一方、会社員にとって“逆転増税”のリスクが高まる分岐点となっている。副業20万円以下の誤解による住民税増、医療費控除での補てん金入力ミスや通院交通費の未計上、住宅ローン控除の省エネ基準未適合による控除ゼロ、さらに医療費控除とふるさと納税の限度額の食い合いなど、制度の組み合わせによる見えにくい落とし穴が顕在化。本記事は、具体的なケースと専門家コメントを交え、手取りを守るための実践的チェックポイントを提示する。

　2月16日、2026年（令和7年分）の確定申告が始まった。マイナンバーカードとマイナポータル連携の普及により、会社員でもスマホ一つで申告が完結する時代だ。だが、その「手軽さ」が、皮肉にも手取りを削る“逆転増税”を生むケースが増えている。

　背景には、
・副業拡大による所得構造の複雑化
・医療費控除のデータ連携の限界
・住宅ローン控除の性能要件の厳格化
・ふるさと納税との相互作用
といった複数制度の“交差点”がある。

　税理士の村井綾乃氏はこう警告する。

「最近の相談は“計算ミス”より“制度の組み合わせミス”が圧倒的に多いです。本人は節税したつもりでも、翌年の住民税通知で初めて“増税”に気づくケースが増えています」

　本稿では、2026年申告の分岐点となる「4つの地雷」を、ビジネスパーソン目線で整理する。

●目次

• 「副業20万円以下は申告不要」という危険な神話
• 医療費控除：マイナポータルが見逃す“隠れ経費”
• 2026年の分岐点：住宅ローン控除と“性能不適合”
• 【盲点】ふるさと納税と医療費控除の“食い合い”
• 結論：「自動化」は節税を保証しない

「副業20万円以下は申告不要」という危険な神話

　会社員に最も広がっている誤解が「副業所得が20万円以下なら申告しなくていい」というものだ。これは所得税だけの話である。

■ 所得税はセーフでも、住民税は別ルール

　確定申告をしない場合でも、住民税の申告は別途必要になるケースがある。さらに問題なのは、「医療費控除などのために確定申告をすると、副業分も自動的に紐づく」点だ。

　結果として、
　・副業所得が住民税計算に反映
　・翌年の住民税が上昇
　・「増税された」と錯覚
という構図が起こる。

「副業20万円以下＝ノーリスクではありません。確定申告を一部だけ行う“中途半端申告”が一番危険です」（村井氏）

■ 会社にバレるリスクは“チェック漏れ”

　さらに実務上増えているのが、住民税の徴収方法のチェックミスだ。副業分を「普通徴収（自分で納付）」にしなければ、会社の給与から天引きされる住民税額が変動する。これが副業発覚の典型パターンだ。

　マイナ連携は自動でも、徴収方法の選択は自動ではない。ここを見落とすと、税額だけでなくキャリアリスクにも直結する。

医療費控除：マイナポータルが見逃す“隠れ経費”

　医療費控除は「自動入力で終わる」と思い込んだ瞬間に損が始まる。

■ 補てん金の“過大入力”で控除が蒸発

　入院給付金などの補てん金は、「その医療費の範囲内」で差し引くのが原則だ。例えば、医療費10万円、保険金20万円の場合、差し引けるのは10万円までだ。ここを「20万円」と入力すると、他の医療費まで圧縮され、控除額が必要以上に減る。

「保険金の入力ミスは、還付金額が数万円単位の差につながります」（同）

■ 12月分・交通費・市販薬は自動では出ない

　マイナ連携で取得できるのは主に保険診療情報。だが、「年末分の反映遅れ」「通院の電車・バス代」「セルフメディケーション税制対象の市販薬」などは手入力が前提だ。