叛逆無双の魔装戦機【マギアクロス】

人類の住処である世界は、魔族によって奪われてしまった。
魔族の手によって人類は衰退し、9割近くの尊い命が犠牲になった。
しかし、人類はそこで魔族に屈することはせず、叛逆の狼煙を上げた。
人類の叡智と、魔術。そして魔族から奪取した科学を用いて、人類は魔装戦機【マギアクロス】という名の兵器を開発した。
それにより、人類は世界の半分を取り返すことに成功した。

そのようなことが書き綴られた書物を手にした少年は、父親の書斎の奥から黒色の魔装戦機【マギアクロス】を発見し、契約を行う。
そしてそれから時が経ち、少年は魔族に抗う組織に所属するのだが、そこで長期任務を言い渡される。
それは、魔装戦機育成学園に編入することであった──