バグに愛されたエンジニアは恋をする？

病弱ゆえにデジタルの世界を居場所としてきた少年・蒼月ルイ。
彼のもとに届いたのは、異能の欠陥（バグ）を持つ者が集う特殊教育機関「コードリア校」への招待状だった。
かつて自分を否定して去った「あいつ」を見返すために入学したルイを待っていたのは、システムが支配する異常な島と、物理法則を無視する「バグスキル」を持つ生徒たち。

そこでルイは、宿敵であり初恋の相手、御条理央と3年ぶりに再会する。
かつては「Team L.R.」として完璧な補完関係にあった二人。
しかし再会した理央は、バグスキル「Logic」の発現により、あらゆる感情を「排除すべきエラー」として処理する冷徹な秀才に変貌していた。

ルイは「SE（システムエンジニア）」として、暴走する生徒たちの心をデバッグする過酷な任務を背負わされる。
神出鬼没のバグを持つ同居人・悠斗や、過激な理想を掲げる生徒会との衝突。
過去の裏切りと、今も消えない恋心。
「これは恋なのか、それとも未定義のクラッシュか」
壊れた世界で、不器用なエンジニアたちが「本当の心」を実装するまでの物語。