奴隷として生まれた天才

魔法使いは頭がよくはないが強い。人間は頭がいいが弱い。そんな力関係から、人間は魔法使いに支配されていた。そんな中、天才と呼ばれて育ってきた人間『杉田　健』は同じく天才といわれている人間『伊藤裕司』にチート級図書館へ行ける水晶を擦り付けられる。健は魔法使いに研究を発表することに罪悪感を持ちつつも、人間が魔法使いの魔法の恩恵を受け暮らしやすくなるために、チート級図書館の文献を参考にし、発表する日々を送っていた。
しかし、ある日健に助けを求めた『ユウキ』という魔法使いに迫害された魔法使いによって、健は自分の研究が思いもよらない方向に利用されていたことを知る。今まで、圧倒的な魔力を誇っていたため魔法使いの脅威に晒されていなかった妖精たちが、健の研究によって攻撃を受けていたのだ。健はそのことに責任感を持ち、エルフの国を守り、魔法使いに一矢報いることを決意する。
仲間の翔太、真央、莉那そしてユウキとともに魔法使いをエルフの領土から撃退し、健は初めて自分に自信を持つ。そして、魔法使いに復讐し、人間たちを救済し、革命を起こすことを決意する。