僕のクラスには神がいる。

神社の息子として生まれた寺田一休の元に、自称神を名乗る転校生が現れた。

「私は神。一生に一度だけ、願い事を叶えることができるのだ。
　この中に願い事を叶えて欲しいものはいるか」

神社の息子ながら神様に見放されてきた一休と彼の願い事を叶えようと奮闘する自称神の恋愛ドタバタコメディーの始まり始まりなのだ。