恋する主護霊　お美津は、オレの彼女である！

Ｎ県氷川高校には、超常現象を探索する超常現象研究部というクラブがある。
そこに所属する高校二年の男子、及川充輝（おいかわみつてる）が、Ａ級の主護霊だと名乗る一人の少女の幽霊と邂逅したことから物語は始まる。
Ａ級の主護霊は、お美津という。お美津は言った。「あなたさまと、あたいの出会いは予定されていたこと。あなたさまは不浄の魂を浄化させる浄魂の剣（じょうこんのけん）の継承者。あなたさまが浄魂の剣の持ち主として目覚めなければ、これから起きる大禍を避けられない。お願い目覚めて、浄魂の剣の持ち主として」
　お美津は、人類を滅ぼしかねない大禍の鍵を握る美佳という少女の主護霊であった。
美佳は、虚舟一族（うつろぶねいちぞく）という悪霊を封印してきたものたちの末裔だった。だが、美佳は自分が虚舟一族の末裔だと知らずに、こともあろうに悪霊たちにそそのかされて自殺未遂を起こす。幸いにも二ホンカワウソの聖獣、太助（たすけ）のおかげで、美佳は命を取り留めるが、充輝が浄魂の剣の持ち主として覚醒しなければ、美佳の自殺によって、人身供儀が成就され、大悪霊のヒルコが蘇ると言うのだ。
お美津と充輝は、三百年の眠りから目覚めた二ホンカワウソの聖獣である太助を仲間に加え、美佳に群がる悪霊どもを浄化し始める。
医者の悪霊、大杉との戦いの途中に、浄魂の剣の持ち主として目覚めた充輝は、浄魂の剣を使って悪霊を浄化するが、二ホンカワウソの聖獣ことを太助は、戦いが終わった後、現代の日本に二ホンカワウソがいないと知って愕然とする。二ホンカワウソは、良質な毛皮を持っていたために人に乱獲されて滅んだのだ。
「人が、オイラの子孫を滅ぼしてしまったのか。人が……オイラの子孫を」
人に絶望した太助は、聖獣なんかやめたと言い、充輝たちの元から去ってしまう。そんな時、氷川湾にウメズという大悪霊が現れる。聖獣である太助が欠けた充輝とお美津のチームは、苦戦を強いられ、戦いの最中に、持ち主しか使うことを許されない浄魂の剣を、お美津が使用してしまい、お美津がその場から消え去ってしまう。
お美津の庇護を失った美佳は、悪霊どもにとり憑かれ、海にその身を投げてしまった。
ウメズは、お美津の犠牲で葬り去ることができたが、人身供儀が成就され、大禍の悪霊ヒルコが蘇ってしまったのであった。
その頃、太助は聖獣の神の一人である青龍と会い、再び、人を守る聖獣として戦うことを決意する。