軍人で最強で超絶ブラコンな……そんな妹は嫌いですか？

国の運営する戦闘員養成機関・桜陵学院。卒業後の軍への任官を目的とし、学費免除や武器の使用許可等、破格の待遇が受けられるこのエリート校への入学条件はただ一つ。
——戦闘において、1つでも特出した
才能を持っていること————-
人の手によって生み出された怪物・生体兵器「unknown」。
立ち向かうのは「個性保持者(アビリティユーザー)」
と呼ばれる能力者たち。
そんな個性保持者の一人であり、かつてある「事件」によって、記憶を失った主人公、結城司は桜陵学院に入学し、面倒見がよく、優しい性格の義妹、結城刹那とともに規格外の学院生活を送る。
ただ、同時に入学し、軍人でありながらもなぜか入学した、銀髪の少女、真島千里はある秘密を抱えていた。
それは司の生き別れの妹という自分の正体。
「事件」から生還した千里は司との再会を果たしたが、最愛の兄に自分の正体を明かすことのできない理由があった。