気づいたら何故か、めちゃくちゃかわいい卑弥呼と暮らすことになったんだが

目が覚めると遠くに広大な森、何故かたて穴住居があり、そして……美少女がいた。

谷崎晴人(たにさき はると）は小さい頃に親から弥生時代のことを聞き、魅了され、
大学では考古学を専攻。その後絶え間ない努力で調査員になることができた。

そしてかつて卑弥呼が治めていたとされる遺跡で発掘調査をしていた谷崎。
だが発掘エリアが突如崩落し、谷崎は崩落に巻き込まれてしまう。

目を覚ますとそこには美少女がおり名前を聞いたら卑弥呼と言われ……卑弥呼！？

現代人の谷崎と邪馬台国の女王が時代の壁を越えて、いろいろなハプニングがおこり、
そして徐々に惹かれあう、現代と弥生の禁断の恋　開幕……