学園カースト最下位の理学部はどうやって青春を謳歌したのか？

めでたく高校生になった上条純一は、運動部では活躍できなかった中学時代と同じ轍を踏まぬため出来るだけ体を使わず程々の熱量で活動している部活を物色し、条件を満たしていそうな理学部に入学する。
週２日の理学部は想像以上に緩く、純一は同じ新入部員の中井大成・三島直人と一緒に漫然と高校生活を送っていたが、中井が夏祭りで知り合った中条あゆみの登場で雲行きが変わってきた。
中井はあゆみの彼氏を気取るが、あゆみにその気はないようで、純一に白羽の矢が立つ。あゆみは中井に気兼ねする純一を泣き落とし彼氏にしてしまう。
かくして純一に「初めての彼女」が出来たわけだが待っていたのは受難の連続であった。