生ける概念《ホムンクルス》

現代の日本の夏。夏休みの宿題に追われる高校生・関ヶシムは気分転換で外出した帰り道、怪しげなアンティークショップに立ち寄る。そして、そこで自身を『生ける概念《ホムンクルス》』と名乗る不思議な少女・ユースティティアと出会う。

混乱しているのも束の間、彼女と同じくホムンクルスと名乗る少年・マロムに突如襲撃され、この危機を脱するためにシムは彼女と約束を交わし、彼女の『約束者《プロミスト》』となる。

彼女達ホムンクルスとは、一体何なのか？　彼女達の目的は？　『約束者《プロミスト》』となったシムに待ち受けるモノは一体？