夜の図書室の司書になりました！

七月花音（ななつきかのん）は中学二年生。
本が好きだが、学校司書の三島さんから、もうすぐ今の図書室が壊されて縮小されてしまうという話を聞く。
理由は、所蔵している本の活力が失われて、本も建物も本来の輝きを失って衰退の一途をたどっているからだった。
そんなある日、花音は自分が『夜世界』という不思議な時間と空間に入り込み、『夜の図書室』の司書になれる才能があることを知る。
花音はそこで、ファンタジー、ジュブナイル、ミステリ、ホラー、ラブロマンスといったジャンルが擬人化された精霊たちと出会い、彼らを窮地に追い込んでいる｢夜の使い｣を撃退しながら、図書室を活性化させていく。
『夜の図書室』の司書の先輩である三島さんとともに、ついに5人の精霊全員を復調させる花音。
これでお役御免になったかと思うと寂しい思いもあるが、精霊たちは人間として花音のクラスに転校してきたのだった。